"Правильный" TS

[Andrey Grey]

да тут на любителя. зависит еще от того сколько человек проект разрабатывает. если один, то теоретически можно все настройки хранить в одном файле, разделив на блоки

#------------------ Плагины

#------------------ FCE

и тп.

Если больше людей, то лучше все хранить в разных шаблонах. Настройки сайта в одной части, настройки плагинов в другой, вывод информации в третьей и так далее.
Мелкие проекты предпочитаю хранить все в одной записи шаблона, это дает оператиыность правки.