tinyRTE vs tag <script>

[void]

А modify вы каким образом собираетесь реализовать в этом случае? Я бы лично загнал все вот эти параметры графика в один из атрибутов вставляемого тега и парсил бы уже либо на стороне пользователя уже js-ом, либо во время преобразования текста из того, что лежит в базе в то, что будет показано пользователю. А может быть, все эти паметры вообще хранить в базе данных, а вставлять просто пустой див с параметром class="chart char_id_1".
Понятно, что если функции модификации графика у вас нет, то можно и JS в RTE вставлять. Но тут проблема безопасности - как только вы разрешаете тег <script> в RTE, любой редактор может творить с вашим сайтом всё что хочет.