Вообще говоря все ссылки, которые после установки и настройки RealURL будет выдавать Typo3 для пользователей сайта будут вида
http://domain.tld/some/path/ хотя и "старые" ссылки вида
http://domain.tld/index.php?id=123 будут работать.
Чтобы дать поисковикам исключительно "правильные" ссылки логично использовать SiteMap, которые использует и Гугл и Яндекс - экстеншнов для их генерации много, новейший и, наверное самый удачный, это
dd_googlesitemap, написанный разработчиком RealURL Дмитрием Дулеповым. Кстати, на его сайте
http://dmitry-dulepov.com/ можно найти много статей и про настройку RealURL и про работу с htaccess.