Периодически сама по себе меняется кодировка

[Valery Romanchev]

имел дело с такой проблемой

1) проверьте что стоит
$TYPO3_CONF_VARS['SYS']['setDBinit'] = 'SET NAMES utf8;'; в localconf

2) что нет других коннектов к MySQL от того же юзера, у которых кодировка другая (на счет этого не уверен, но было подозрение, что может быть в этом причина глюков)