Всетаки - кэширование с использованием БД - это очень не удобно!

[Андрей Аксенов]

Ну есть в Планировщике задачи по уборке мусора... Можно это делать и в ручную. Во вторых, я не пользуюсь встроенным поиском - может и стоит попробовать новый, но как-то руки не доходят, легче поставить сторонний гугль или яндекс.
Ну а сам механизм INNO в DB подразумевает "раздувание" файлов. Одно спасение - периодическое воссоздание базы данных.
Ну а кеширование во временных файлах довольно широко используется...